- Karakteristik Pondok Pesantren Muhammadiyah Qursains adalah:
- Pendidikan karakter berbasis Al-Qur’an,
- Pendidikan berbasis pada wawasan lingkungan alam dan sosial,
- Pengembangan sesuai potensi dan bakat siswa dan konsep kecerdasan majemuk,
- Akrab dan adaptif dengan Teknologi Informasi.
- Pondok Pesantren Muhammadiyah Qursains dibangun di atas dasar Al-Qur’an dan Sunnah. Seluruh sivitas Qursains adalah orang yang bersahabat dengan Al-Qur’an dan As-Sunnah. Karakteristik dan keunggulan kompetensi Al-Qur’an di Qursains mencakup tahsin, tahfizh, dan tafhim.
- Pondok Pesantren Muhammadiyah Qursains meyakini bahwa alam sebagai ayat-ayat kauniyah Allah merupakan sumber belajar terbaik.
- Pondok Pesantren Muhammadiyah Qursains menjadikan alam sebagai sumber sekaligus sarana belajar peserta didik agar anak mengetahui hakikat Tuhan-Nya, dirinya dan alam ciptaan-Nya.
- Pondok Pesantren Muhammadiyah Qursains mengembangkan peserta didik berdasarkan konsep Gardner tentang Kecerdasan Majemuk (Multiple Intelligence). Terdapat delapan kecerdasan, yaitu linguistik, matematis, visual, musikal, kinestetik, interpersonal, intrapersonal, dan naturalistik. Kemampuan intelektual yang diukur melalui tes IQ sangatlah terbatas, karena tes IQ hanya menekan pada kemampuan logika (matematika) dan bahasa (Gardner,1983)
- Pondok Pesantren Muhammadiyah Qursains menyadari bahwa Teknologi Informasi (TI) merupakan faktor perubah strategis, sehingga segenap sivitas pendidikan harus akrab dan adaptif dengan perkembangan Teknologi Informasi sebagai sarana kemajuan.
- Pondok Pesantren Muhammadiyah Qursains merupakan konsep pendidikan intensif yang pada dasarnya dilaksanakan dalam waktu 24 jam sehari semalam. Seluruh waktu merupakan kesempatan bagi proses pendidikan. Secara formal diwujudkan dalam bentuk boarding school dan fullday school.
